Bref résumé : Plusieurs mois ont passé depuis les événements de New-York. Phil Coulson, qui a survécu à son attaque par Loki, reprend du service sous la supervision de Maria Hill. Une équipe est constituée pour appréhender un homme montrant des capacités surhumaines. Skye, une hackeuse faisant partie d'un collectif secret voulant révéler les secrets du SHIELD, est également intéressée par l'individu.